Para as versões oficiais de Compiz Fusion, ou se ele não estiver muito desatualizado, siga simplesmente os procedimentos de comando para atualização normal, usando binários do Entropy ou fontes do Portage.

Se você estiver usando Compiz Fusion antigo, desligue-o no ícone Fusion-Icon, substituindo-o por Kwin, Metacity ou Openbox.

su
# equo install (ou emerge) x11-libs/bcop x11-apps/ccsm x11-wm/compiz x11-libs/compiz-bcop x11-libs/compizconfig-backend-gconf x11-libs/compizconfig-backend-kconfig dev-python/compizconfig-python x11-wm/compiz-fusion 11-plugins/compiz-fusion-plugins-extra x11-plugins/compiz-fusion-plugins-main x11-plugins/compiz-fusion-plugins-threed x11-plugins/compiz-fusion-plugins-unsupported x11-apps/fusion-icon x11-libs/libcompizconfig x11-plugins/compiz-users-pafy-screensaver x11-plugins/compiz-fusion-plugins-atlantis

Isto atualizará o Compiz Fusion.

Mas se quiser utilizar versões muito recentes ou de teste do Compiz Fusion, siga os procedimentos abaixo:

1) Sincronize o Portage. Novamente advirto que em Sabayon Linux, a sincronização deve ser feita após a atualização dos pacotes grandes, como GNOME, OpenOffice, ou podem surgir problemas com máscaras ou pacotes bloqueados. Portanto, antes de rodar os comandos abaixo, se desejar, atualize o GNOME, aMSN, OpenOffice, Firefox e os pacotes gerais que utiliza.

A seguir atualize o sistema, sincronizando o Portage e o sistema de Overlays:

su
# emerge --sync && layman -S

2) Atualize o Portage:

# emerge -va portage

3) Atualize os pacotes da linguagem interpretada Python:

# emerge -va python

4) Se já não estiverem atualizados, atualize os compiladores e outros pacotes necessários:

# LINGUAS=pt_BR emerge gcc gtk+ glib autoconf automake
# emerge -av emerge dev-util/git

5) Atualizando os Overlays e substituindo momentaneamente o Overlay Geral do Sabayon Linux pelo Overlay que contém o último Compiz Fusion:

su
# emerge layman
# layman -Lka desktop-effects
# layman -d sabayon

6) Remova os pacotes não compatíveis do git e prepare as FLAGs que o X11 usará:

# rm -rf /usr/portage/distfiles/git-src/*
# echo "x11-libs/libX11 xcb" >> /etc/portage/package.use