Primeiro devemos remover os pacotes desnecessários. Faça isso com o comando:

sudo apt-get autoremove

Isso apagará todos os pacotes que o sistema não precisa mais.

Mesmo depois disso o sistema ainda terá alguns pacotes, é recomendado que se use o Deborphan. Instale-o usando o comando:

sudo apt-get install deborphan

Após instalado, use o comando:

sudo apt-get remove $(deborphan)

Repita esse comando quantas vezes precisar, até o programa parar de perguntar. Isso irá desinstalar todos os pacotes que o autoremove não removeu.

Muito bom. Agora sim, nós não temos mais pacotes desnecessários. Mas ainda temos muitas configurações sobrando.

Dessa vez nós não precisaremos usar a linha de comando. Abra o Synaptic. Lá embaixo terá um botão "Estado", clique nele e depois em "Não instalado (configurações residuais)", se ele não aparecer, então você não tem nenhum pacote residual, pode fechar a janela.

Caso apareça: então selecione todos, dê um clique direito e clique em "Marcar para remoção completa.", e então aplique.

Como você sabe, após desinstalarmos algum programa as configurações dele ainda continuam. Esse procedimento vai apagar todas as configurações que restaram.

Mesmo assim ainda terão muitos programas que você não precisa. Experimente desinstalar alguns programas que você instalou e não usa mais. Por exemplo eu não uso o Evolution, por isso eu desinstalei-o.

Pronto! Já tiramos todos os pacotes desnecessários, agora vamos fazer outros procedimentos. Como apagar a Lixeira etc.