PDF Edit

Se a sua intenção é corrigir ou fazer pequenas observações, o PDF Edit é uma solução a ser considerada. Aviso de antemão que ele, na minha opinião, é meio chatinho de ser operado. Mas se a coisa for "jogo rápido", pode-se usufruir dele sem problemas.

Nele é possível grifar, sublinhar e até inserir comentários. Logo após, basta salvar como PDF.

Uma coisa interessante é que com esse software também é possível salvar o arquivo no formato texto (txt).

Xournal

O Xournal é um programa para a inserção de notas, usado especialmente em Tablet PCs. Faz a mesma função do Microsoft OneNote, ainda que não possua opções avançadas, como as de organização por etiquetas e datas, mas também é bastante útil.

Com ele você pode marcar partes do texto com a caneta highlight (diversas cores), além de reconhecer o botão de borracha que fica na outra ponta da Styllus. Depois de feitas as anotações, o Xournal possui o recurso de exportar o arquivo como PDF.

Okular

O Okular é o visualizador de arquivos padrão para o KDE 4. Baseado no KPDF, o Okular além de ser um ótimo reader, oferece também várias funções. Escolhendo a opção Revisão, no menu Ferramentas, ou pressionando F6, aparecerá uma barra lateral que te permitirá sublinhar, rabiscar, inserir formas geométricas, fazer anotações e marcas de carimbo personalizáveis no documento.

Vale ressaltar que funciona perfeitamente em outros ambientes gráficos e, sem dúvida, é uma ótima opção para estudantes.