Em 1991, um estudante finlandês chamado Linus Torvalds anunciou o lançamento de seu kernel baseado em sistemas UNIX, e que justamente por ser tão parecido com o UNIX começou a surgir uma grande quantidade de colaboradores.

Convenientemente, o kernel podia ser combinado com os softwares existentes do projeto GNU para fazer um sistema operacional completo, e foi isso que acabou acontecendo. Linus começou o devolvimento de seu kernel como um projeto puramente particular, inspirado pelo seu interesse no MINIX, um pequeno sistema UNIX desenvolvido por Andrew S. Tanenbaum. Ele limitou-se a criar, nas suas próprias palavras, "um Minix melhor que o Minix". Este kernel ficou conhecido como Linux, contração de Linus e Unix.

Embora a maioria das fontes costumam chamar o GNU/Linux de Linux, para se referir ao sistema operacional de uso geral, que foi feito com uma junção do kernel de Linus e de várias ferramentas do projeto GNU, há muitas controvérsias em relação ao seu nome, na comunidade do software livre.

Richard Stallman argumenta que não usar o 'GNU' no nome do sistema operacional não é justo, pois faz as pessoas esquecerem o valor que o projeto GNU tem, além de que promove uma separação entre o software e a filosofia do projeto GNU. Mas o próprio Torvalds discorda da nomenclatura GNU/Linux chamando seu sistema operacional de Linux. A discussão e desentendimento entre Stallman e Torvalds prosseguem acerca da correta nomenclatura a respeito do Sistema, arrastando também as opiniões dos inúmeros usuários e desenvolvedores do Sistema GNU/Linux (ou apenas Linux). Inicialmente, o GNU/Linux foi desenvolvido e utilizado por entusiastas, mas tão logo se viu a imensa aplicabilidade dele, embora isto não tenha sido intenção de Torvalds ao fazer o Linux, já se começou a ver grandes empresas interessadas em colaborar com seu desenvolvimento e a explorar o seu potencial, empresas como a IBM, Sun, HP, Red Hat, Novel, Oracle, Google e a Canonical.