Por padrão, não há como alterar o tamanho da fonte do Ubuntu... Pelo menos eu não achei como!

Mas como eu já usei o GNOME Shell, sei de uma maneira. Basta instalar o Gnome Tweak Tool:

sudo apt-get install gnome-tweak-tool

Depois disso, basta abrir o Gnome Tweak Tool. Eu faço isso clicando no botão Ubuntu no lançador e digitando:

tweak

O nome do software em português é Ferramenta de Ajustes. Nesta ferramenta há a opção "Fontes", onde é possível alterar o tamanho. Eu gosto de diminuir em dois pontos o tamanho padrão das fontes:

Onde o padrão é 11, deixo 9. Onde o padrão é 13, deixo 11, por exemplo.

Dica testada no Ubuntu 12.10.

Abraço!