Muitos usuários como eu, começam usar computador com o Windows instalado e só depois migram para o Linux. Por isso, às vezes, é muito difícil perder alguns costumes herdados com o uso do Windows.

Eu, particularmente, já fiz bastante uso do Prompt de Comando (arquivos de lote e algumas coisinhas aí, como ativar a conta administradora e simular o uso do MS-DOS para fins didáticos).

Quando eu migrei para o Linux, tive que me readaptar com comandos diferenciados. Mas no caso do clear, achei mais fácil digitar cls mesmo.

Então, criei um link simbólico do clear como cls:

sudo ln -n /usr/bin/clear /usr/bin/cls

Ou, como root:

# ln -n /usr/bin/clear /usr/bin/cls

Pronto, cls no Linux.