Uso o Linux openSUSE 11 e instalei um programa muito legal e super simples para converter arquivos de vídeo .flv para .avi, que é o QFlv2Avi.

Depois que você instalar via YaST e iniciar o programa, é só escolher o vídeo (dizendo local onde se encontra o arquivo e o nome do vídeo) e dizer para onde irá o arquivo convertido. Você também pode converter vários arquivos ao mesmo tempo. E o melhor é que possui interface gráfica, o que cria facilidade aos usuários iniciantes.