Primeiramente temos que instalar o ffmpeg.

Instalação:

# apt-get install ffmpeg

Após instalado, para fazermos a conversão utilizamos o comando:

ffmpeg -i arquivo.ogv arquivo.flv

Você pode determinar a resolução do arquivo de saída utilizando o parâmetro -s:

ffmpeg -i arquivo.ogv -s 800×600 arquivo.flv