• 1 - Faça uma estrutura de recuo com os arquivos e as pastas. Crie uma pasta pública em /var/www:

ou dê o nome que quiser;

• 2 - Dentro da pasta "publica" coloque somente o arquivo index do teu site. No arquivo index.php/html você faz um include ou require para um arquivo que você quer chamar de uma pasta privada e daí por diante para todos os outros.

Exemplo de estrutura:



Nesta estrutura acima você pode acrescentar diretórios de acordo com as suas necessidades.

O diretório /var/www/meusite/publica é o que você colocará no arquivo de configurações do servidor web; por exemplo, no Directory do apache.conf/httpd.conf.