Caso o seu sistema apresente a seguinte mensagem no dmesg:

Sep 13 06:38:13 debian kernel: Warning only 4GB will be used.
Sep 13 06:38:13 debian kernel: Use a PAE enabled kernel.
Sep 13 06:38:13 debian kernel: 3200MB HIGHMEM available.
Sep 13 06:38:13 debian kernel: 896MB LOWMEM available.

Não precisa recompilar o kernel, basta utilizar uma das imagens bigmem.

Para procurar no seu Debian use:

# apt-cache seach bigmem

Se o repositório tiver essa imagem disponível aparecerá:

• linux-image-2.6.18-4-686-bigmem
  
• linux-image-2.6.18-5-686-bigmem
  
• linux-image-2.6.22-3-686-bigmem
  

Aí é só instalar de acordo com a versão do seu kernel.

Agora seu kernel reconhecerá sua memória como 4GB.

Espero ter ajudado!!!