Essa é uma dica básica, porém, tem entrado gente no #vivaolinux que não tem noção nenhuma de como funciona o Linux e não achei artigos básicos no site.

Eis a função de alguns diretórios no Linux.

/ (diretório raiz)
O diretório raiz é a base da estrutura de todo o sistema operacional, onde vários subdiretórios estão divididos de acordo com a função de cada um.

/bin
Contém os arquivos executáveis na forma binária. A maioria dos comandos que você for executar estará nesse diretório.

/dev
Esse diretório é responsável por conter os drivers do sistema.

/home
É nesse diretório onde é criado o subdiretório pessoal de cada usuário do sistema, exceto o root, que sem seu diretório na raiz (/root).

/var/log
Esse diretório contém os arquivos de logs do sistema.

/usr/X11
Nele existem os subdiretórios que contém arquivos e outros diretórios responsáveis pela interface gráfica do Linux.

/usr/doc
Contém vários documentos com informações sobre vários assuntos do sistema operacional.

/boot
Contém os arquivos usados no boot do sistema operacional, tais como a configuração do teclado, imagem, informações sobre drivers, etc.

/tmp
Os arquivos e subdiretórios temporários ficam aqui.

/var/spool/mail
Armazena os emails dos usuários até que eles sejam lidos.

/usr/src/linux
Contém o kernel do sistema operacional, documentação e códigos abertos (em C). Aqui você pode alterar a configuração do Linux usando o comando "make menuconfig". Cuidado, não mexa em nada que não tenha certeza do que está fazendo aqui. Recomendo a leitura de um artigo sobre Compilação de Kernel.