A pouco tempo enfrentei uma situação complicada, precisava migrar alguns clientes de servidor mantendo a mesma estrutura, inclusive usuários e senhas de FTP e ssh, mas estas senhas não estavam documentadas. Depois de alguns testes descobri que isto é muito simples de se fazer.

Para migrar usuários entre servidores Linux, basta você copiar as linhas referentes aos usuários que deseja migrar dos arquivos abaixo e adicionar no novo servidor que eles começam a valer, ficando faltando apenas copiar os arquivos/homes dos usuários e reiniciar o servidor.

Arquivos:

/etc/passwd - Arquivo com todos os usuários do sistema, basta você copiar as linhas referentes aos usuários que deseja migrar
/etc/shadow - Arquivo com as senhas do usuário, selecione as linhas referente aos usuários que selecionou no arquivo anterior
/etc/group - Relação de grupos, selecione os grupos dos usuários selecionados

Após selecionar os dados dos arquivos acima é só edita-los no servidor de destino e gravar.

Se você copiar os arquivos via rsync, após atualizar os arquivos de usuários/senhas, as permissões serão mantidas.