Bom pessoal passei por isso para reestruturar minha rede, apesar de ser uma rede pequena não quis perder profiles locais e ter que copiar, reconfigurar e-mails.

Depois de muita pesquisa e teste essa pequena dica foi executada de um Ubuntu Server 8.04 para um Debian 6 e esta funcionando redondo. Isso seria mais fácil se fosse maquina virtual.

1) Instale sua distribuição favorita, no meu caso Debian.

2) Copie os backups (servidor original) dos seguintes arquivos:

    Grupos(/etc/group)
    Usuários (/etc/passwd)
    Senhas (/etc/shadow)
    Copie os *.tbd (/var/lib/samba/)
    Samba (/etc/samba/smb.conf)

Digite esses comandos:

# net getlocalsid
# net getdomainsid

E salve os resultados deles.

3) Copie o arquivos acima para a nova instalação respeitando os diretórios da sua distro preferida.

4) Copie as homes e os dados para os diretórios, mantendo permissões (sugiro que seja feito através do rsync).

5) Configure a SID do servidor local e do domínio (que deve ser capturada previamente com o comando # net getlocalsid):

# net getlocalsid
# net setlocalsid (+resultado do comando acima)
# net setdomainsid (+resultado do comando acima)

6) Feito esses procedimentos é necessário reiniciar o servidor novo com o hostname do servidor original, por isso faz-se necessário trocar o hostname e IP do servidor, agora, antigo. Ao reiniciar o servidor para loga-lo use os users e senhas do antigo servidor.

Lembrando que se você tiver impressoras é necessário reinstalar o cups nesse server.