Aqui eu vou colocar alguns comandos que eu acho que são os principais.

Comandos básicos

• ls [-al]: listagem do diretório.
• cp [-ir]: copiar arquivos.
• mv [-i]: mover ou renomear arquivos.
• rm [--]: deletar arquivos.
• mkdir/rmdir: cria/deleta diretórios.
• ln -s path link: cria links simbólicos (symlinks) para arquivos ou diretórios.

Outros comandos

• file: determina o tipo do arquivo (/etc/magic).
• cat: exibe o conteúdo do arquivo na tela.
• head / tail: exibe linhas no inicio / fim do arquivo.
• less / more: lista o conteúdo do arquivo.
• man filename: manual online do programa.
• ctrl+alt+del/reboot: reinicia o sistema.
• shutdown -h now/halt: desliga o computador.

Mais no terminal

• stty -a: lista configurações do terminal.
• reset: reseta o terminal (volta ao normal).
• (SHIFT)PGUP/PGDN: barra de rolagem do bash.
• TAB: auto-completa os comandos digitados no terminal.
• MOUSE2/3: cola o texto selecionado (gpm).
• CTRL+S (Scroll Lock): desabilita o vt.
• CTRL+Q (Scroll Lock): habilita o vt (tente isto caso o terminal trave).
• ALT+Fx: muda de console.
• CTRL+ALT+Fx: muda de console em modo gráfico.

Usuários

• w: informações gerais sobre usuários logados e seus processos.
• who: informações dos usuários atuais (do utmp)
• last: listagem do histórico de logins (/var/log/wtmp)
• lastlog: retorna informações sobre últimos logins.

Matando processos

kill: as opções mais comuns são (onde id é o mesmo que PID):

• kill -HUP id-do-processo: reinicia processo.
• kill -9 id-do-processo: mata processo.
• killall processo: mata processo pelo nome.
• killall -HUP processo: reinicia processo pelo nome.

Sistema

• df -h (espaço livre e ocupado nos discos)
• du -sh(x) (espaço ocupado pelo diretório e seus subdiretórios)

Informações do sistema

• free: status da memória e swap.
• vmstat: status da memória virtual (processos, cpu).
• lsdev, lspci: listagem do hardware/dispositivos pci.
• pnpdump: retorna configuração das placas ISA PnP.
• lsmod / rmmod: lista/remove módulos na memória.
• procinfo: cat /proc ;)

Informações do ambiente X

• xdpyinfo: recursos do servidor X.
• showrgbq: retorna a database de cores rgb.
• xlsfonts: lista as fontes reconhecidas pelo X.
• xset m 5/2 1: ajusta a velocidade e aceleração do mouse.

Rede

Listando processos listening na porta 80 e seus PIDs

• lsof -n -i:80 (-i4: ipv4 e -n: sem resolver hostnames)
• fuser -v 80/tcp (lista processos que escutam na porta tcp 80 em modo ps-like)

Pipes e Redirecionamentos

Através de 'pipes', a saída de um comando (stdout [file descriptor 1]) é passada como a entrada (stdin) do outro. Em geral, a saída é o terminal e a entrada o teclado. Exemplos:

$ dmesg | less ; ls -l | more
$ echo "Broadcast Message" | wall

Através de '<' e '>' é possível definir qual será o stdin e o stdout. Exemplos:

$ dmesg > dmesg.txt ; more < dmesg.txt
ls -l /tmp >> list.txt (concatena)

O sinal de maior é equivalente ao comando tee.

E para alterar o stderr (mensagens de erro [file descriptor 2]):

$ ls /admin > list.txt 2> erros.txt (se o diretório não existir, o stderr será o erros.txt e o stdout o list.txt)
$ ls /admin > list.txt 2>&1 listagem_e_erros.txt (se houver, erros serão repassados para o mesmo local que o stdout)

Operadores Lógicos

• &&: 'e' (retorna true se todas as expressões forem verdadeiras)
• ||: 'ou' (retorna true se uma das expressões forem verdadeiras)
• O sinal ';' executará ambas as expressões independente do retorno. Por exemplo:
  
  $ make ; make install (os comandos serão executados em sequência)
  $ make && make install (o segundo comando somente será executado se o primeiro não retornar erro)