Abra um terminal e digite:

sudo nautilus

Coloque sua senha e se abrirá um explorador de arquivos com permissão de root. Aí você poderá editar arquivos (deletar, mover etc) como se fosse o mesmo.

Também é possível criar um lançador que abra já como root: clique com botão direito sobre a área de trabalho e depois em "Criar lançador". No campo "Nome", coloque um de sua preferência e em "Comando" coloque gksu nautilus (para Gnome).

Depois basta dar um clique duplo sobre o ícone, vai pedir sua senha, digite-a e aperte com botão esquerdo em OK.

Pronto!

Depois que eu aprendi isso, serviu muito. Sei que é pouca coisa para uma dica, mas é a minha primeira.