O GNU/Linux tem seu "próprio" relógio que não necessariamente é sincronizado com o relógio do hardware (RTC). Para sincronizá-los existe um comando chamado hwclock, que faz esta sincronização em ambos os sentidos, ou seja, sincroniza o hardware baseado no sistema e vice-versa.

Para sincronizar o relógio do hardware a partir do sistema:

# hwclock --systohc

Para sincronizar o relógio do sistema a partir do hardware:

# hwclock --hctosys