Há um tempo atrás, eu tive problemas com a troca do tema do cursor do mouse. Após instalado, o tema não funcionava em todas as áreas do desktop; quando este era substituído sem mais nem menos pelo tema padrão. Procurei muito e achei a solução.

1) Instale o tema.

2) Abra o terminal (Menu > Acessórios > Terminal).

3) Digite o comando:

sudo gedit /usr/share/icons/default/index.theme

4) Pressione ENTER.

5) Digite a senha do Administrador (repare que enquanto você digita a senha, o terminal não exibe nada que indique que a senha está sendo inserida).

6) Pressione ENTER. Feito isso, vai abrir um documento de texto no Gedit.

7) Apague o nome que estiver na frente de INHERITS= e no lugar escreva o nome do tema do cursor desejado (extatamente como ele aparece lá no menu de Temas).

8) Vá em arquivo (no menu do Gedit) e, clique em salvar.

9) Feche o Gedit.

10) No terminal digite:

a) Se Você usa o Compiz:

compiz --replace

b) Se você usa o Metacity:

metacity --replace

Esses comandos também valem se o cursor por algum motivo começar a falhar (o que é muito raro e, esses comandos resolvem na hora).

ATENÇÃO: Esses comandos podem ocasionalmente reiniciar a sessão. Certifique-se de que, ao digitá-lo, nenhum trabalho esteja sendo executado, pois este poderá ser perdido.

Espero ter sido útil.
:)