Nao consigo rodar o R no linux. ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found

1. Nao consigo rodar o R no linux. ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found

Bruna Roberta Soica
abrunarobberta

(usa Ubuntu)

Enviado em 19/07/2023 - 10:09h

Oi pessoal

eu tinha o R no linux ubuntu e estava normal. Precisei desinstalar e baixar novamente. ele até baixa mas não roda.
Quando coloco no terminal R --version recebo esse erro:
/usr/bin/R: linha 249: /usr/lib/R/etc/ldpaths: Arquivo ou diretório inexistente
ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found



  


2. Re: Nao consigo rodar o R no linux. ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found

Samuel Leonardo
SamL

(usa XUbuntu)

Enviado em 19/07/2023 - 18:11h

Vou fazer umas perguntas:
1-Como instalou o R? Foi pelo apt?
2-seguiu algum tutorial? QUal o link dele?

É provável que o R no seu sistema não está instalado.
Instalar pelo apt é muito mais seguro, porém, vai instalar um R mais antigo, dependendo da versão do seu ubuntu.


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3. Re: Nao consigo rodar o R no linux. ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found

Bruna Roberta Soica
abrunarobberta

(usa Ubuntu)

Enviado em 19/07/2023 - 19:33h


SamL escreveu:

Vou fazer umas perguntas:
1-Como instalou o R? Foi pelo apt?
2-seguiu algum tutorial? QUal o link dele?

É provável que o R no seu sistema não está instalado.
Instalar pelo apt é muito mais seguro, porém, vai instalar um R mais antigo, dependendo da versão do seu ubuntu.


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Eu instalei pelo sudo-apt install r-base e tb tentei instalar pelas instruções do proprio site https://cran.r-project.org/




4. Re: Nao consigo rodar o R no linux. ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found

Samuel Leonardo
SamL

(usa XUbuntu)

Enviado em 19/07/2023 - 19:39h

Certo, vou instalar aqui e daqui a pouco venho.


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5. Re: Nao consigo rodar o R no linux. ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found

Samuel Leonardo
SamL

(usa XUbuntu)

Enviado em 19/07/2023 - 19:49h

Siga os passos:
Primeiro, instala as chaves do repositório do R no Ubuntu:
Copie e cole no seu terminal o comando abaixo (aperte Control+Alt+T para abrir o terminal no ubuntu):
wget -qO- 'cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc' | sudo tee -a '/etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc' 

Digite sua senha do sudo e aperte enter.
Isso acima vai adicionar as chaves dos repositórios do R.

Depois instale os repositórios do R:
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/" 


Depois, atualize o apt:
sudo apt update 


E por fm instale o R:
sudo apt install r-base 


Para testar se o R está realmente instalado, espere o comando acima terminar e execute isso:
whereis R 

O comando acima tem que mostrar a seguinte mensagem:
R: /usr/bin/R /usr/lib/R /etc/R /usr/local/lib/R /usr/share/R /usr/share/man/man1/R.1.gz 

se mostrou a mensagem acima então está instalado.
Prontinho pra uso.


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6. Re: Nao consigo rodar o R no linux. ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found

Samuel Leonardo
SamL

(usa XUbuntu)

Enviado em 19/07/2023 - 19:54h

Poxa, o vol bugou no parsing dos links.
wget -qO- 'cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc' | sudo tee -a '/etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc'



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7. Re: Nao consigo rodar o R no linux. ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found

Bruna Roberta Soica
abrunarobberta

(usa Ubuntu)

Enviado em 19/07/2023 - 20:39h


SamL escreveu:

Poxa, o vol bugou no parsing dos links.
wget -qO- 'cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc' | sudo tee -a '/etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc'



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não deu
o que apareceu no fim foi:
(base) bruna@bruna-340XAA-350XAA-550XAA:~$ whereis R
R: /usr/bin/R /etc/R /usr/share/R /usr/share/man/man1/R.1.gz
(base) bruna@bruna-340XAA-350XAA-550XAA:~$ R --version
/usr/bin/R: linha 249: /usr/lib/R/etc/ldpaths: Arquivo ou diretório inexistente
ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found
(base) bruna@bruna-340XAA-350XAA-550XAA:~$

as respostas anteriores do codigo foram:

(base) bruna@bruna-340XAA-350XAA-550XAA:~$ sudo apt install r-base
Lendo listas de pacotes... Pronto
Construindo árvore de dependências
Lendo informação de estado... Pronto
r-base já é a versão mais recente (4.3.1-2.2004.0).
Os seguintes pacotes foram instalados automaticamente e já não são necessários:
libllvm12 libllvm14 libxmlb1
Utilize 'sudo apt autoremove' para os remover.
0 pacotes atualizados, 0 pacotes novos instalados, 0 a serem removidos e 4 não atualizados.
W: Não usando travamento para arquivo de trava somente leitura /var/lib/dpkg/lock-frontend
W: Não usando travamento para arquivo de trava somente leitura /var/lib/dpkg/lock
W: chown to _apt:root of directory /var/cache/apt/archives/partial failed - SetupAPTPartialDirectory (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: chmod 0700 of directory /var/cache/apt/archives/partial failed - SetupAPTPartialDirectory (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: chown to _apt:root of directory /var/lib/apt/lists/auxfiles failed - SetupAPTPartialDirectory (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: chmod 0700 of directory /var/lib/apt/lists/auxfiles failed - SetupAPTPartialDirectory (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: Não usando travamento para arquivo de trava somente leitura /var/cache/apt/archives/lock





8. Re: Nao consigo rodar o R no linux. ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found

Samuel Leonardo
SamL

(usa XUbuntu)

Enviado em 19/07/2023 - 20:52h

Eu pesquisei aqui e diz nesse link
https://community.rstudio.com/t/r-line-238-usr-local-lib-r-etc-ldpaths-no-such-file-or-directory/190...
Isso acontece porque vc está usando uma versão antiga do R.

Vamos fazer assim.
Como seu apt tá travado, sugiro que reinicie o sistema.
Depois, execute esse comando: lsb_release -cs (mostre para mim o que mostra nesse comando depois de executado)
Depois execute isso:
sudo apt purge r-base
isso vai desistalar o R que foi instalado antes.

O erro acontece porque provavelmente vc instalou o R dos repositórios do ubuntu e não o R dos repositórios oficial do R.
Além do que, a solução do link acima é colocar o /usr/local no path.

Depois de executar os passos acima, refaça passo a passo a instalação do R.
Veja ali minha postagem onde tem os comandos passo a passo, siga-os de novo.


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9. Re: Nao consigo rodar o R no linux. ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found

Bruna Roberta Soica
abrunarobberta

(usa Ubuntu)

Enviado em 19/07/2023 - 20:59h


SamL escreveu:

Eu pesquisei aqui e diz nesse link
https://community.rstudio.com/t/r-line-238-usr-local-lib-r-etc-ldpaths-no-such-file-or-directory/190...
Isso acontece porque vc está usando uma versão antiga do R.

Vamos fazer assim.
Como seu apt tá travado, sugiro que reinicie o sistema.
Depois, execute esse comando: lsb_release -cs (mostre para mim o que mostra nesse comando depois de executado)
Depois execute isso:
sudo apt purge r-base
isso vai desistalar o R que foi instalado antes.

O erro acontece porque provavelmente vc instalou o R dos repositórios do ubuntu e não o R dos repositórios oficial do R.
Além do que, a solução do link acima é colocar o /usr/local no path.

Depois de executar os passos acima, refaça passo a passo a instalação do R.
Veja ali minha postagem onde tem os comandos passo a passo, siga-os de novo.


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Segue sem funcionar :(
quando 'desinstalo' o R, o icone continua aparecendo quando pesquiso nos programas, porem nao abre.
E sim, tentei instalar uma versão antiga do r necessaria para um pacote especifico

(base) bruna@bruna-340XAA-350XAA-550XAA:~$ lsb_release -cs
focal

(base) bruna@bruna-340XAA-350XAA-550XAA:~$ sudo apt purge r-base
[sudo] senha para bruna:
Lendo listas de pacotes... Pronto
Construindo árvore de dependências
Lendo informação de estado... Pronto
Os seguintes pacotes foram instalados automaticamente e já não são necessários:
libllvm12 libllvm14 libxmlb1
Utilize 'sudo apt autoremove' para os remover.
Os pacotes a seguir serão REMOVIDOS:
r-base*
0 pacotes atualizados, 0 pacotes novos instalados, 1 a serem removidos e 4 não atualizados.
Depois desta operação, 65,5 kB de espaço em disco serão liberados.
W: Não usando travamento para arquivo de trava somente leitura /var/lib/dpkg/lock-frontend
W: Não usando travamento para arquivo de trava somente leitura /var/lib/dpkg/lock
W: chown to _apt:root of directory /var/cache/apt/archives/partial failed - SetupAPTPartialDirectory (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: chmod 0700 of directory /var/cache/apt/archives/partial failed - SetupAPTPartialDirectory (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: chown to _apt:root of directory /var/lib/apt/lists/auxfiles failed - SetupAPTPartialDirectory (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: chmod 0700 of directory /var/lib/apt/lists/auxfiles failed - SetupAPTPartialDirectory (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: Não usando travamento para arquivo de trava somente leitura /var/cache/apt/archives/lock
Você quer continuar? [S/n] s
dpkg: erro: não foi possível aceder ao diretório /var/lib/dpkg da base de dados do dpkg: Sistema de arquivos somente para leitura
W: Problema ao remover o link do ficheiro /var/log/apt/eipp.log.xz - FileFd::Open (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: Não foi possível abrir arquivo /var/log/apt/eipp.log.xz - open (17: Arquivo existe)
W: Não foi possível abrir ficheiro o '/var/log/apt/eipp.log.xz' - EIPP::OrderInstall (17: Arquivo existe)
E: Could not create temporary file for /var/lib/apt/extended_states - mkstemp (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
E: Falha ao escrever Arquivo de Estado ("StateFile") temporário /var/lib/apt/extended_states
E: Sub-processo dpkg --set-selections retornou um código de erro (2)
E: Couldn't record the approved state changes as dpkg selection states



10. Re: Nao consigo rodar o R no linux. ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found

Samuel Leonardo
SamL

(usa XUbuntu)

Enviado em 19/07/2023 - 22:31h

abrunarobberta escreveu:


SamL escreveu:

Eu pesquisei aqui e diz nesse link
https://community.rstudio.com/t/r-line-238-usr-local-lib-r-etc-ldpaths-no-such-file-or-directory/190...
Isso acontece porque vc está usando uma versão antiga do R.

Vamos fazer assim.
Como seu apt tá travado, sugiro que reinicie o sistema.
Depois, execute esse comando: lsb_release -cs (mostre para mim o que mostra nesse comando depois de executado)
Depois execute isso:
sudo apt purge r-base
isso vai desistalar o R que foi instalado antes.

O erro acontece porque provavelmente vc instalou o R dos repositórios do ubuntu e não o R dos repositórios oficial do R.
Além do que, a solução do link acima é colocar o /usr/local no path.

Depois de executar os passos acima, refaça passo a passo a instalação do R.
Veja ali minha postagem onde tem os comandos passo a passo, siga-os de novo.


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Segue sem funcionar :(
quando 'desinstalo' o R, o icone continua aparecendo quando pesquiso nos programas, porem nao abre.
E sim, tentei instalar uma versão antiga do r necessaria para um pacote especifico

(base) bruna@bruna-340XAA-350XAA-550XAA:~$ lsb_release -cs
focal

(base) bruna@bruna-340XAA-350XAA-550XAA:~$ sudo apt purge r-base
[sudo] senha para bruna:
Lendo listas de pacotes... Pronto
Construindo árvore de dependências
Lendo informação de estado... Pronto
Os seguintes pacotes foram instalados automaticamente e já não são necessários:
libllvm12 libllvm14 libxmlb1
Utilize 'sudo apt autoremove' para os remover.
Os pacotes a seguir serão REMOVIDOS:
r-base*
0 pacotes atualizados, 0 pacotes novos instalados, 1 a serem removidos e 4 não atualizados.
Depois desta operação, 65,5 kB de espaço em disco serão liberados.
W: Não usando travamento para arquivo de trava somente leitura /var/lib/dpkg/lock-frontend
W: Não usando travamento para arquivo de trava somente leitura /var/lib/dpkg/lock
W: chown to _apt:root of directory /var/cache/apt/archives/partial failed - SetupAPTPartialDirectory (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: chmod 0700 of directory /var/cache/apt/archives/partial failed - SetupAPTPartialDirectory (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: chown to _apt:root of directory /var/lib/apt/lists/auxfiles failed - SetupAPTPartialDirectory (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: chmod 0700 of directory /var/lib/apt/lists/auxfiles failed - SetupAPTPartialDirectory (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: Não usando travamento para arquivo de trava somente leitura /var/cache/apt/archives/lock
Você quer continuar? [S/n] s
dpkg: erro: não foi possível aceder ao diretório /var/lib/dpkg da base de dados do dpkg: Sistema de arquivos somente para leitura
W: Problema ao remover o link do ficheiro /var/log/apt/eipp.log.xz - FileFd::Open (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
W: Não foi possível abrir arquivo /var/log/apt/eipp.log.xz - open (17: Arquivo existe)
W: Não foi possível abrir ficheiro o '/var/log/apt/eipp.log.xz' - EIPP::OrderInstall (17: Arquivo existe)
E: Could not create temporary file for /var/lib/apt/extended_states - mkstemp (30: Sistema de arquivos somente para leitura)
E: Falha ao escrever Arquivo de Estado ("StateFile") temporário /var/lib/apt/extended_states
E: Sub-processo dpkg --set-selections retornou um código de erro (2)
E: Couldn't record the approved state changes as dpkg selection states

Aparentemente, seu sistema de arquivos foi montado como somente leitura, não vai dar de fazer nada pelo apt até resolver tal problema.

tem que recuperar seu disco, vou explicar os passos mas vc não vai poder abrir nenhum programa, a não ser o tty:

NOTA:
[Tire foto com um celular dos comandos abaixo para seguir passo a passo]

Faça o seguinte:
1-reinicie seu pc e escolha as opções avançadas na tela preta do grub
É ali onde tem escrito Opções avançadas para Ubuntu
Escolha ela movendo com as setas do teclado e tecle enter nela para escolher.
2-escolha a opção lá de cima onde tem "recovery mode" no final, vai ter outras opções assim mas escolha a primeira onde aparece recovery mode, use as setas para mover e enter para escolher
3-espere iniciar a tela do recovery
4-então, nessa mesma tela, escolha primeiro a opção fsck e tecle enter
Se ela perguntar pra montar o filesystem, escolha yes (ou sim)
5-espere o fsck retornar.
Caso NÃO tenha dado erro no fsck, prossiga pra passo 7
Caso a opção do fsck (passo 5) tenha dado errado:
6-escolha opção onde tem desistir e ir para terminal como root
Isso vai lhe jogar como root e se deu erro no fsck é porque o sistema de arquivos tava montado.
Sendo assim, desmonte tudo: execute no terminal que apareceu: umount -a
Depois, execute manualmente o fsck, rode isso:
fsck -A -y
Isso vai consertar os erros na sua partição do sistema.
Espere acabar.
Depois, saia do terminal assim: execute o comando exit

7-na mesma tela do recovery, escolha a opção dpkg para consertar pacotes quebrados.
Vai perguntar se deseja executar o dpkg, digite s e tecle enter.
8-Então, vai voltar pra tela de recovery, aperte seta direita e selecione ok e tecle enter.
Depois iniciei normalmente seu sistema.

Espere o sistema iniciar e prossiga.
Agora, vamos ver se o seu sistema continua com problemas.
Execute isso:
sudo apt purge r-base

Se aparecer uma mensagem do tipo "Sistemas de arquivos somente leitura" significa que potencialmente seu sistema está ainda com problemas.
Se não aparecer, é porque foi tudo resolvido e o r-base será desistalado.

Retorne aqui depois disso.

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