simulação computacional

Juhlyana
(usa Ubuntu)

Enviado em 29/01/2015 - 11:39h

Eu trabalho com simulação computacional e temos um cluster. Estou colocando meu programa para rodar e o servidor esta dando esta mensagem de erro...Alguém poderia ajudar-me?

"WARNING: Open MPI will create a shared memory backing file in a directory that appears to be mounted on a network filesystem.
Creating the shared memory backup file on a network file system, such as NFS or Lustre is not recommended -- it may cause excessive network traffic to your file servers and/or cause shared memory traffic in Open MPI to be much slower than expected.

You may want to check your compute nodes, what the typical temporari directory: node. Possible sources of the location of this temporary
directory include the $TEMPDIR, $TEMP, and $TMP environment variables.

Note, too, that system administrators can set a list of filesystems where Open MPI is disallowed from creating temporary files by setting
the MCA parameter "orte_no_session_dir".

Local host: din19
File Name: /tmp/openmpi-sessions-juliana@din19_0/58463/1/shared_mem_pool.din19

You can set the MCA paramter shmem_mmap_enable_nfs_warning to 0 to
disable this message."

At.

IZhaq_melo
(usa FreeBSD)

Enviado em 02/02/2015 - 08:59h

por gentileza

teria como voce descrever o seu ambiente cluster?

qual aplicação esta rodando e por fim em que parte do processo de utilizar essa mensagem aparece?

Juhlyana
(usa Ubuntu)

Enviado em 02/02/2015 - 09:12h

Então este cluster tem 20 nós (assim chamamos aqui) e quando quero colocar algum cálculo para rodar acesso um desses nós, e dou o comando mpirun -np 8 ./siesta <input.fdf> output.fdf &
Quando dou este comando aparece a mensagem de erro acima.

IZhaq_melo
(usa FreeBSD)

Enviado em 02/02/2015 - 11:34h

Juliana voce esta certa o termo é nó ( vulgo node )

quanto ao erro em questão acho que temos um problema, procurei o erro no site official da ferramenta e não achei nada, alem de:

http://www.open-mpi.org/community/lists/users/2011/11/17663.php
( uma pessoa com o mesmo problema que você que não foi respondida )

procurei alguns lugares que talvez teriam algum documentação interessante sobre o mpirun e achei isso:
https://docs.oracle.com/cd/E19356-01/820-3176-10/ExecutingPrograms.html#50413574_76503

verifique as configurações dele:
https://docs.oracle.com/cd/E19356-01/820-3176-10/ExecutingBatchPrograms.html#50413593_32725

lamento por não ter tantas opções mas o seu caso é bem específico, inclusive para quem fez o Mpirun.