Enviado em 15/02/2013 - 19:38h 
		Cara, tente isto:
Entre dentro do diretório onde estão os arquivos e execute: 
ls -l | grep "B4_5678968_L002_R1_" | awk '{ print "COMANDO --parametros "$9}' | /bin/sh   
Substitua COMANDO --parametros pelo seu comando e - se precisar - os parametros.
Explicando:
ls -l | grep "B4_5678968_L002_R1_"  
Irá listar os arquivos do diretório e filtrar os começados com B4_5678968_L002_R1_ , assim, teremos:
  
ls -l | grep "B4_5678968_L002_R1_" 
| awk '{ print "COMANDO --parametros "$9}'  
Irá filtrar apenas a nona coluna da saída do ls, no caso, apenas o nome dos arquivos. Teremos:
ls -l | grep "B4_5678968_L002_R1_" | awk '{ print "COMANDO --parametros "$9}' 
| /bin/sh  
Irá direcionar a saída do AWK para um shell, no caso, o SH.
Tenta aí e fala pra gente. ;)