Servidor lento

Onde trabalho, sou desenvolvedor php / apache / javascript.
Intencionou-se a princípio disponibilizar um servidor (virtualizado) debian 5 p/ web server. Quando testamos todas as aplicações web php que tinhamos, ficava muito lenta as tranzações, de forma que o pessoal de rede recorreu a um servidor windows 2003 com IIS e o processo rolou com rapidez. Apesar de não estar dentro do meu escopo essa solução de rede, gostaria de algumas sugestões de quais os principais pontos que poderiam gerar essa ocorrida lentidão no Debian 5.

Não seria o caso de fazer um benchmark entre os servidores? Tem uma ferramenta ab do Apache.

As vezes um servidor mal configurado, ou compilado sem suporte a thread, módulos estáticos, módulos desnecessários, etc, etc... pode estar nos repositórios como binário e não ter uma performance adequada.

Sugiro instalar o XAMPP e verificar se a performance é baixa também.