Pode-se usar as os parâmetros em linha de comando para iniciar o PhyML, os mesmos conceitos de usabilidade podem ser aplicado em comandos, bastando colocar os parâmetros que caracterizem a necessidade de sua análise. O software pode ser iniciado da seguinte forma:

# ./phyml -i arquivo.phy

O manual pode ser encontrado com o comando ./phyml -h, uma série de parâmetros serão descritos abaixo.

-i ( --input) arquivo de sequência
sequência de nucleotídio ou aminoácido em formato PHYLIP (arquivo.phy)

-d (--datatype) nt
O tipo de dado pode ser nt para nucleotídio e aa para aminoácido

-q (--sequential)
Formato alteração intercalada para sequencial

-n (--multiple) 4
É o número inteiro indicando o numero de conjunto de dados para análise

-b (--bootstrap)

int > 0 : Numero de replicações bootstrap
int = 0 : Aproximação Verosimilhança sem computar valores de bootstrap
int = -1 : Taxa de aproximação de Verosimilhança retornando aLTR
int = -2 - Taxa de aproximação de Verosimilhança retornando métrica Chi2-based, suporte a brunch
int = -3 - Mínimo de métrica Chi2-based e suporte SH-like
int = -4 - Suporte Chi2-based sozinho

-m (--model) HKY85 (default)
Nome do modelo de substituição

Modelo baseado em nucleotídio: HKY85 (default) | JC69 | K80 | F81 | F84 | TN93 | GTR | custom

Modelo baseado em aminoácido: LG (default) WAG | JTT | MtREV | Dayhoff | DCMut | RtREV | CpREV | VT Blosum62 | MtMam | MtArt | HIVw | HIVb | custom

-f e, d, ou "fA fC fG Ft"
Nucleotídio de sequência de aminoácido

-e Sequências Nucleotídicas:
Sequências de Aminoácidos: São estimadas usando Máxima Verosimilhança

Sequência de Aminoácidos:
Aproximação por contagem de diferentes aminoácidos nos dados

-d Sequências Nucleotídicas:
Aproximação por contagem de diferentes aminoácidos nos alinhamento

Sequência de Aminoácidos:
Aproximação usando frequências definidas por modelo de substituição

- "fA fC fG fT"
Válido apenas para modelos de nucleotídios. fA, fC, fG e fT corresponde a A, C, G e T

-t (--ts/tv)
Taxa de transição e transversão. Apenas para sequências de DNA, pode-se fixar um valor positivo (4.0) ou o tipo e obter estimativa de Máxima Verosimilhança.

-v (--pinv)
Proporção de inviabilidade, pode ser definido o valor [0,1]

-c (--nclasses) nb subst cat =1
nb subst cat:
Valor inteiro positivo. Numero de substituição às Categorias.

-a (--alpha) gamma
gamma
Pode ser um valor positivo para o parâmetro gamma. Ou o valor de Máxima Verossimilhança

-s (--search) move
Opção de pesquisa na topologia da árvore. Podem ser:
NNI - Padrão
SPR - mais lento que NNI
BEST - A melhor opção de pesquisa que NNI e SPR

-u (--inputtree) nome da arquivo
O Arquivo precisa ser em formato newick

-o params
params: Parâmetro de otimização

params=tlr
t - Topologia da árvore
l - Comprimento Brunch
r - Parâmetros de substituição de taxas
n - Parâmetro não é otimizado


--rand start
Define o início da árvore aleatória, porém é valido apenas se a pesquisa SPR for realizada.

--n rand starts num
num é o número aleatórios de arvores que serão utilizados, validos para pesquisa SPR

--r seed num
Número de semente usada pelo gerador de números aleatórios

--print site lnl
Imprime em arquivos * phyml lk.txt o valores de Verosimilhança

--print trace
Imprime no arquivo * phyml trace.txt cada exploração filogênica durante o processamento de pesquisa em árvores.