Dentro do diretório onde está instalado o Bugzilla existe um script chamado checksetup.pl, o objetivo deste script é verificar as dependências e configurar o ambiente inicial do Bugzilla. Execute este script digitando:

$ ./checksetup.pl

Se tudo ocorrer bem, uma provável saída seria:

Checking perl modules ...
Checking for       AppConfig (v1.52)   ok: found v1.56
Checking for             CGI (v2.93)   ok: found v3.05
Checking for    Data::Dumper (any)     ok: found v2.121
Checking for    Date::Format (v2.21)   ok: found v2.21
Checking for             DBI (v1.36)   ok: found v1.43
Checking for      DBD::mysql (v2.1010) ok: found v2.9004
Checking for      File::Spec (v0.82)   ok: found v0.88
Checking for      File::Temp (any)     ok: found v0.12
Checking for        Template (v2.08)   ok: found v2.13
Checking for      Text::Wrap (v2001.0131) ok: found v2001.0131

The following Perl modules are optional:
Checking for              GD (v1.20)    not found
Checking for     Chart::Base (v1.0)     not found
Checking for     XML::Parser (any)      not found
Checking for       GD::Graph (any)      not found
Checking for GD::Text::Align (any)      not found
Checking for     PatchReader (v0.9.4)  ok: found v0.9.5


If you you want to see graphical bug charts (plotting 
historical data over time), you should install libgd and 
the following Perl modules:

GD:          /usr/bin/perl -MCPAN -e 'install "GD"'
Chart:       /usr/bin/perl -MCPAN -e 'install "Chart::Base"'

If you want to use the bug import/export feature to move 
bugs to or from other bugzilla installations, you will need 
to install the XML::Parser module by running (as root):

   /usr/bin/perl -MCPAN -e 'install "XML::Parser"'

If you you want to see graphical bug reports (bar, pie and 
line charts of current data), you should install libgd and 
the following Perl modules:

GD:              /usr/bin/perl -MCPAN -e 'install "GD"'
GD::Graph:       /usr/bin/perl -MCPAN -e 'install "GD::Graph"'
GD::Text::Align: /usr/bin/perl -MCPAN -e 'install "GD::Text::Align"'

Checking user setup ...
Removing existing compiled templates ...
Precompiling templates ...
Checking for    MySQL Server (v3.23.41) ok: found v5.0.0-alpha-standard

Populating duplicates table...

Note que os módulos opcionais não precisam estar instalados para que o Bugzilla funcione, porém os mesmos provém funcionalidades adicionais.

Caso esteja faltando alguma dependência este script irá informar qual é a dependência e irá informar também qual o comando necessário para instalar as dependências.

O comando de instalação dos módulos é:

perl -MCPAN -e 'install "<nome do modulo>"'

A parte mais difícil ao instalar o Bugzilla no meu caso foram os módulos PERL, pois alguns não compilaram e os fontes tiveram que ser editados para correção. Então caso se aventure em editar os fontes, preste atenção nas mensagens de erro reportadas pois estas dão grandes dicas de o que pode estar ocorrendo.

O script checksetup.pl já se encarrega de colocar as permissões corretas na pasta, você pode executar o script quantas vezes achar necessário até que o sistema esteja configurado corretamente.