Cada runlevel tem seu diretório, veja essa listagem:

Nível - N
Diretório - Nenhum
Descrição - Inicialização do sistema

Nível - 0
Diretório -/etc/rc0.d/
Descrição - Finalização do sistema

Nível - S
Diretório - /etc/rcS.d/
Descrição - Monousuário na inicialização do sistema

Nível - 1
Diretório - /etc/rc1.d/
Modo monousuário trocado a partir de um modo multiusuário

Nível - 2 até o 5
Diretório - /etc/rc[2 ao 5].d/
Descrição - Modo multiusuário

Nível - 6
Diretório - /etc/rc6.d/
Descrição - Reinicialização

Nível - 7 ao 9
Diretório - /etc/rc[7 ao 9].d/
Descrição - Nível multiusuário, mas normalmente não é usado

Os mais importantes são os runlevels do 0 ao 6.

Você pode verificar em qual runlevel seu sistema está executando o comando:

runlevel

E pode entrar em algum runlevel com o comando:

telinit <NÚMERO DO RUNLEVEL>

Experimente fazer o comando:

# telinit 6

Você verá seu sistema ser reinicializado. Justo, pois mandamos o init para o runlevel de reinicialização.

Certo, mas o que tem dentro desses diretórios "/etc/rc<do 0 ao 6>.d"? Eles contém links simbólicos para arquivos que estão localizados em /etc/init.d

Vamos ver um exemplo do conteúdo do diretório /etc/rc5.d.

# ls /etc/rc5.d/
README
S16ssh
S20courier-authdaemon
S20courier-pop-ssl
S20postfix
S30squid
S91apache2
S10rsyslog
S17mysql-ndb-mgm
S20courier-imap
S20exim4
S20samba
S40dhcp3-server
S99rc.local
S12acpid
S18mysql-ndb
S20courier-imap-ssl
S20nfs-common
S20snmpd
S89atd
S99rmnologin
S15bind9
S19mysql
S20courier-pop
S20openbsd-inetd
S21fam
S89cron
S99stop-bootlogd

Todos esse arquivos são um link simbólico para /etc/init.d, mas vamos prestar um pouco mais de atenção nesses arquivos, veja que eles começam com uma letra S (de Start), o que significa que serão executados pelo init quando este estiver no 5° nível de execução.

Vamos dar um olhada em um runlevel um pouco mais baixo, como o /etc/rc1.d/:

# ls /etc/rc1.d/
K09apache2
K20courier-authdaemon
K20courier-pop-ssl
K20postfix
K22mysql-ndb
K81portmap
K90rsyslog
K11atd
K20courier-imap
K20exim4
K20snmpd
K23mysql-ndb-mgm
K84ssh
README
K11cron
K20courier-imap-ssl
K20nfs-common
K21fam
K30squid
K85bind9
S30killprocs
K19samba
K20courier-pop
K20openbsd-inetd
K21mysql
K40dhcp3-server
K88acpid
S90single

Opa, aqui já mudou um pouco, a maioria dos links simbólicos estão começando com a letra K (de kill), ou seja, estes processos serão eliminados quando o init alcançar o runlevel 1.

Primeiro os links com a letra K são executados e depois os S. A ordem que os links são executados dependem do valor numérico que acompanha o link, por exemplo, os seguintes arquivos são executados em sequência:

S10sysklogd
S12kerneld
S20inetd
S20linuxlogo
S20logoutd
S20lprng
S89cron
S99xdm

E é assim, o init percorre todos os runlevels até o valor default do init indicado pela linha "initdeafult" no /etc/inittab executando todos scripts necessários para que você tenha um sistema completamente carregado.