Não há muito mistério nas configurações do arquivo, basicamente o Conky deverá funcionar sem problemas com ele mas vamos à algumas considerações:

1. O conky não aparece ou aparece e se clicar no desktop ele some:

Esse comportamento estão relacionado à variável own_window_type = 'normal', onde o item pode ser 'normal', 'desktop' e 'override'. Experimente essas opções caso esteja tendo problemas desse tipo.

2. Alguns itens não aparecem na tela, ficam "cortados":

O "tamanho" do Conky é configurado nas linhas minimum_height e minimum_width e o valor padrão é suficiente para a maioria das situações. No caso de você querer colocar mais coisas a serem mostradas poderá ser necessário mudar o valor da linha minimum_height para um número maior.

3. As letras do Conky mostradas no desktop vão ficando grossas a medida do uso:

Esse comportamento quase sempre estão relacionado à sessão do desktop salva pelo usuário. Em uma sessão salva e configurando o Conky para iniciar junto do sistema faz com que mais de uma instância do Conky esteja funcionando e o resultado é a sobreposição de texto no desktop.

Se você costuma salvar a sessão do desktop para abrir programas fechados na sessão interior não há necessidade de colocar o Conky na inicialização do sistema.