Há quem diga que o "único computador 100% seguro é aquele que está desligado" ou sem acesso a grande rede. Extremismo a parte, com uma certa dose de exagero. O que determina se um sistema é seguro ou um ambiente fértil de um possível ataque é a nossa atitude e a maneira que interagimos com os sites que visitamos, e com as ferramentas de proteção como firewall, anti-rootkit (no caso do Linux temos o excelente chkrootkit que funciona como uma espécie de antivírus) e os programas que instalamos. Pois qualquer pessoa mal intencionada pode facilmente criar um arquivo .deb para (Debian, Ubuntu, Big Linux, Linux Mint) de programas que não estão nos repositórios oficiais e disponibilizá-los para download e basta o usuário dar permissão para instalação do mesmo para que algum comando malicioso faça abertura de portas ou tenha acesso a conta de root ou administrador do sistema e vasculhe seu diretório home em busca de informações pessoais.

Portanto, só instale programas de fontes bem confiáveis como dos próprios desenvolvedores dos softwares e cuidado com pessoas em sites não muito comuns que "gentilmente" converteram aquele programinha que dá uma tremenda dor de cabeça em compilar via linha de comando.

É verdade que você pode "dissecar" o arquivo .deb antes de instalar, mas para isso você tem que conhecer profundamente a estrutura dos arquivos do Linux, entender de programação e interpretar shell script linha a linha para ver se algo está errado. Sinceramente, mesmo para os que possuem tal conhecimento avançado, não é nada animador ou estimulante fazer isso.

O melhor a fazer é aprender a compilar você mesmo o programa, caso realmente seja necessário. Embora isso está caindo em desuso devido as facilidades em que as distros e desenvolvedores disponibilizam os programas bastando apenas instalá-los via Apt-get, Synaptic ou a Central de Programas do Ubuntu, que chega a ser um processo mais fácil do que o do concorrente.

O mesmo se aplica para outras distros que também possuem seus sistemas de instalação mais amigáveis e tão fáceis como o Ubuntu. No openSUSE há o 1-One-Click-Install pelo navegador ou Firefox, mais fácil que isto só dois disso e com segurança!