Após a instalação física do dispositivo no computador, uma formatação lógica é efetuada nesse dispositivo, determinando a maneira que os dados são gravados e recuperados e as propriedades desses conjuntos de dados.

Essas opções estão relacionadas à segurança de acesso e metadados, tais como: tamanho em bytes, hora de criação e modificação, tipo do arquivo e diversas outras propriedades que qualificam um arquivo.

Segundo WIRZENIUS (1998), durante a formatação pode-se encontrar blocos ruins no disco, chamados de blocos defeituosos (bad blocks) ou setores defeituosos (bad sectors). Esses blocos defeituosos são marcados pelo sistema operacional como não utilizáveis. A presença de muitos blocos defeituosos indica a possibilidade de falha no dispositivo e recomenda-se sua troca.

No GNU/Linux a formatação pode ser realizada pelo utilitário mkfs (make file system). Esse comando constrói um sistema de arquivos do tipo especificado pelo administrador e que seja suportado pelo GNU/Linux. Caso o tipo não seja especificado é usado o EXT2. A sintaxe para o comando é:

mkfs -t <type> /dev/<dispositivo>

Onde <type> é um tipo de sistema de arquivos válido e <dispositivo> é a partição que se deseja formatar. Por exemplo:

# mkfs -t ext3 /dev/hda3

Criará uma partição do tipo EXT3 na terceira partição primária (a3) de um disco tipo IDE (hd). O processo de formatação apaga de modo irremediável os dados, caso existam, em uma partição. Isso ocorre porque uma nova estrutura lógica é gravada no disco para a partição destruindo a existente. Observa-se que o disco rígido normalmente é subdividido em regiões independentes denominadas partições.