Essa é bem simples, mas vale a dica. =P

Rodando o comando "cairo-dock --help" olha o que eu encontrei:

-F, --fake-transparency : emulate composition with fake transparency. Only use this if you don't run a compositor like Compiz, xcompmgr, etc and have a black background around your dock.

cairo-dock -F

Esse comando emula um ambiente composite com falsa transparência... com isso você não precisará consumir recursos desnecessários só pra ter um docker legal. =p

Espero que essa dica seja útil.