Dica testada no Calculate Linux com i3wm.

Um bug faz com que ícones na systray do i3bar fiquem sobrepostos. Assim: Para corrigir, ou pelo menos amenizar, adicione o seguinte trecho (em negrito) à configuração da barra do i3:

bar {
        i3bar_command i3bar -t
        status_command i3status
}

Depois saia do i3wm e entre novamente.

Bem, no meu caso funcionou. O problema sumiu, mas não é uma solução definitiva para o bug. Apenas um "jeitinho".

Fonte: I3status system tray icons messed up after update - Support for Community Editions - Manjaro Linux Forum