Se você instalou o Matlab para Linux e toda vez que vai utilizar o software tem que abri-lo pelo terminal, já que o atalho do (K)ubuntu criado na instalação não funciona, basta colocar o parâmetro -desktop no comando.

Por exemplo, em vez de utilizar no atalho:

/opt/matlab/bin/matlab

Utilize isso:

/opt/matlab/bin/matlab -desktop

Somente esta modificação e tudo volta ao normal!