Usando o comando mv:

mv origem1 origem2 origem3 destino

Exemplo:

mv /home/usuario/Downloads/arquivo1.txt /home/Desktop/arquivo2.pdf /home/usuario/Documentos/apostila.doc /home/usuario/backup

Veja que o último local será o destino, podendo usar várias origens.

Se for mover diretórios, lembre de usar -r de Recursivo, quer dizer, o diretório e o que estiver dentro. Exemplo:

mv -r dir_origem1 dir_origem2 dir_origem3 dirdestino