Se você quer utilizar o Squid 2.6 de como proxy transparente, não precisa adicionar as linhas abaixo. Quebrei a cabeça para configurar ele como transparente, depois olhando direitinho em seu arquivo de configuração, vi que ele traz alguns exemplos.

Nas versões antigas você precisaria colocar esses parâmetros:

....
httpd_accel_port 80
httpd_accel_host virtual
httpd_accel_uses_host_header on
httpd_accel_with_proxy on
...

Edite o /etc/squid/squid.conf, e onde você define a porta 3128 (default), coloque isso:

Pronto! E depois coloque a regra no iptables redirecionando tudo o que for para destino de porta 80, que vá para 3128.

iptables -A -t nat PREROUTING -p tcp -s [sua_rede] --dport 80 -j REDIRECT --to-port 3128

Essa configuração é para Squid com versões 2.6.x. Baixe qualquer uma da série 2.6.StableX.tar.gz.

Links para estudo:

• http://www.squid-cache.org/Versions/v2/2.6/
• http://www.visolve.com/squid/squid30/contents.php
• http://www.linuxajuda.org/site/node/154