Para fazer o menu de aplicativos do Gnome transparente, tenha instalado o Compiz, e abra o gerenciador dele pelo ícone do Compiz na barra de tarefas ou pelo comando:

ccsm

Na seção "Acessibilidade", clique em "Opacidade, brilho e saturação" e habilite esse plugin. Na aba "Opacidade", em "Definições específicas de janelas", clique no botão "Novo", e na janela que abrir, coloque o seguinte conteúdo:

Tooltip | Menu Tooltip | Menu | PopupMenu | DropdownMenu

e em "Valores para a janela" - onde é definido a transparência - coloque o valor que você quiser (um valor '80' é razoável pra testar).

Após fechar, você já poderá ver seu menu transparente.

Para fazer as bordas das janelas transparentes não é necessário instalar o emerald, basta abrir o editor do metacity:

gconf-editor

Clique em "app" -> "gwd"

Clique em "metacity_theme_active_opacity" e em "metacity_theme_opacity", e altere os valores de transparência que desejar (novamente , '0.8' é um bom valor pra começar).

Já pode visualizar as bordas das janelas transparentes. Com a vantagem de não precisar instalar mais programas e usar o próprio tema do Gnome.

Até a próxima dica.