Para ativar os links ed2k:// no Gnome para que ele seja aceito pelo Epiphany, Galeon ou qualquer navegador que use o GConf, você precisa executar esses comandos como usuário comum:

$ gconftool-2 -t string -s /desktop/gnome/url-handlers/ed2k/command "/usr/bin/ed2k \"%s\""
$ gconftool-2 -t bool -s /desktop/gnome/url-handlers/ed2k/enabled true
$ gconftool-2 -t bool -s /desktop/gnome/url-handlers/ed2k/needs_terminal false

Se você compilou o aMule na mão e ele está em outra pasta, troque /usr/bin/ed2k pelo endereço onde ele se encontra. Normalmente você descobre isso digitando "which ed2k" no terminal.

Para desfazer o processo, apenas digite:

$ gconftool-2 -u /desktop/gnome/url-handlers/ed2k --recursive-unset

Aqui no meu computador preciso deixar o aMule aberto para que o processo funcione, não testei em outros navegadores, pois estou usando o Epiphany.

O processo no Firefox é diferente e fica pra outra dica ;-)