Especialmente quando se tem uma conexão não muito rápida, é extremamente pentelho esperar o Emerge ficar horas sincronizando e baixando pacotes inúteis, como os 'sci-chemistry'.

Mas existe uma ótima solução para isso, de acordo com essa URL:

• Diverting from the Official Tree

Basta adicionar no seu make.conf:

No arquivo /etc/portage/rsync_excludes, inclua os diretórios do Portage que você não quer:

Navegue pela árvore do seu Portage (geralmente em /usr/portage) para ver o que você quer ou não quer (um servidor, por exemplo, excluiria os pacotes do X11, GNOME, KDE, Office etc). Pronto. Salve esse arquivo, e rode:

# emerge --sync

Sua base será atualizada muito mais rápido.