
		Thihup
		
		(usa Manjaro Linux)
		
		Enviado em 10/11/2015 - 11:08h 
		Amigo, o comando 'cls' (assim como o comando 'pause'), são comandos exclusivos do sistema 'Janelas'.
No Linux para limpar a tela utilize o comando 
system("clear"); (não recomendável), ou crie uma função igual a esta e chame assim:
 
#include <stdio.h>
/* E outros includes caso necessite ... */
#ifdef __unix__
#   include <unistd.h>
#   include <term.h>
#elif defined(_WIN32)
#   include <windows.h>
#elif defined(__DOS__) || defined(__MSDOS__)
#   include <conio.h>
#endif
void my_cls(void){
#ifdef __unix__
    static bool bad_term=false;
    if(!bad_term){
        // Caso o terminal ainda não tenha sido inicializado, Inicializa-o.
        if(!cur_term){
            int err_code;
            if(setupterm(NULL, STDOUT_FILENO, &err_code)==ERR){
                bad_term=true;
                goto term_is_bad;
            }
        }
        putp(clear_screen);
        return;
    }
#elif defined(_WIN32)
    static bool bad_console=false;
    static HANDLE hConsole=INVALID_HANDLE_VALUE;
    if(!bad_console){
        if(hConsole==INVALID_HANDLE_VALUE){
            hConsole=GetStdHandle(STD_OUTPUT_HANDLE);
            if(hConsole==INVALID_HANDLE_VALUE){
                bad_console=true;
                goto term_is_bad;
            }
        }
        static COORD top_left_coord = { 0, 0 };
        CONSOLE_SCREEN_BUFFER_INFO screen_info;
        DWORD screen_size, n_chars_affected;
        WORD current_output_attributes;
        // Pega tamanho atual da tela (executa toda vez, pois pode mudar).
        if(!GetConsoleScreenBufferInfo(hConsole, &screen_info)){
            bad_console=true;
            goto term_is_bad;
        }
        screen_size=screen_info.dwSize.X*screen_info.dwSize.Y;
        current_output_attributes=screen_info.wAttributes;
        // Enche a tela de espaços e depois muda os atributos.
        if(
            !FillConsoleOutputCharacter(
                hConsole, static_cast<TCHAR>(' '),
                screen_size, top_left_coord, &n_chars_affected
            ) ||
            !FillConsoleOutputAttribute(
                hConsole, current_output_attributes,
                screen_size, top_left_coord, &n_chars_affected
            ) ||
            !SetConsoleCursorPosition(hConsole, top_left_coord)
        ){
            bad_console=true;
            goto term_is_bad;
        }
        return;
    }
#elif defined(__DOS__) || defined(__MSDOS__)
    clrscr();
#endif
#if !defined(__DOS__) && !defined(__MSDOS__)
term_is_bad:
    /*
        Tipo de terminal desconhecido ou com erro.  "Limpa" a tela
        somente pulando uma quantidade razoável de linhas, quiçá
        arrastando o texto anterior para fora.
    */
    for(int i=0; i<100; i++)
        putchar('\n');
#endif
}
/* Outras funções caso necessite... */
int main(){
    printf("Hello World\n");
    my_cls();
    return 0;
}
 
Fazendo dessa maneira você deixa seu código portável e não requer mudanças nele, apenas recompilar em cada sistema.
Recomendo ler este[1] tópico onde essa função é criada para entender o funcionamento dela.
Espero ter ajudado
Se ajudei, marque o tópico como Resolvido e clique em Melhor Resposta!
Nota: Talvez seja necessário instalar a biblioteca 
libncurses5-dev para funcionar do modo correto (
sudo apt-get install libncurses5-dev caso seja derivado do Debian)
[]'s
T+
[1] 
http://www.vivaolinux.com.br/topico/C-C++/Preciso-fazer-um-programa-em-C-para-cadastra-alunos-consul...
--
Att,
Thiago Henrique Hüpner
(Mensagem scaneada pelo antivírus........ops! não precisa, afinal eu uso Linux!)