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Instalação .Arquivo tar.gz não tem o configure, oque eu faço? [RESOLVIDO]

13. Re: Instalação .Arquivo tar.gz não tem o configure, oque eu faço?

Alberto Federman Neto.
albfneto
(usa openSUSE)

Enviado em 18/04/2016 - 11:13h

Vamos ver, me parece precompilado.
vc expandiu o arquivo. vai na pasta onde expandiu ele, aí execulta ls -a e posta aqui.


cd /

cd ~/

cd pasta onde vc expandiu o arquivo

ls -a


seu arquivo que baixou é tar.gz ou tar.bz2? Porque é diferente. tar.gz são fontes, mas tar.bz2 são binários.
¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨
Albfneto,
Ribeirão Preto, S.P., Brasil.
Usuário Linux, Linux Counter: #479903.
Distros Favoritas: Sabayon, Gentoo, openSUSE, Mageia e OpenMandriva.

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    14. Re: Instalação .Arquivo tar.gz não tem o configure, oque eu faço? [RESOLVIDO]

    Mayara Egidio
    MayaraEgidio
    (usa Outra)

    Enviado em 18/04/2016 - 11:15h

    albfneto escreveu:

    primeira coisa... deu comando certo?

    a extensão é tar.gz ou tar.bz2?
    Porque nem o arquivo é igual nem o comando para expansão
    o comando que vc deu é para expandir tar.bz2 Estes são binários compilados....
    já tar.gz são fontes... o comando para expandir é diferente!
    e somente fontes, tem .configure.

    veja sua mensagem...


    bin data doc VERSION


    se tem "bin" dentro é um binário! Não terá "configure", só fontes tem.

    que tutorial está seguindo?
    ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨
    Albfneto,
    Ribeirão Preto, S.P., Brasil.
    Usuário Linux, Linux Counter: #479903.
    Distros Favoritas: Sabayon, Gentoo, openSUSE, Mageia e OpenMandriva.



    Olá. Sim, dei o comando certo, na hora de elaborar a pergunta aqui no fórum copiei errado. A extensão de meu arquivo é tar.gz o comando foi :

    $ tar -zxvf nome_do_pacote.tar.gz

    O tutorial que estou seguindo é na verdade um artigo aqui do fórum, se encontra no seguinte link:

    https://www.vivaolinux.com.br/artigo/Instalando-pacotes-.tar.gz-e-.tar.bz2/?pagina=2

    Mas também olhei em outros sites e ensinam basicamente a mesma coisa.

    Mas acaba que ninguém trata a questão de não se ter esse ./configure e como não tenho experiência fiquei meio perdida. Obrigada pela ajuda.



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    • 15. Re: Instalação .Arquivo tar.gz não tem o configure, oque eu faço? [RESOLVIDO]

    Mayara Egidio
    MayaraEgidio
    (usa Outra)

    Enviado em 18/04/2016 - 11:21h

    edps escreveu:

    Não seria mais fácil o Sr. informar o link deste pacote em vez de tentarmos adivinhar o que o compõe? Assim quem quiser ajudá-lo baixa o pacote e o examina?

    Tem autogen.sh (se positivo):

    $ ./autogen.sh
    
$ ./configure + <opções>


    Não tem? Mas tem Makefile, talvez se resolva com um simples:

    $ make


    As vezes basta copiar o executável da pasta bin para /usr/bin ou /usr/local/bin e os de data para algum local (e é aí que mora a questão), seria /etc, seria /usr/share/nome-do-programa, enfim, não há mágica sem conhecimento.



    Obrigada pela dica. O site que baixei o arquivo foi:
    http://mirrors.vbi.vt.edu/mirrors/ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release/2.2.25/
    Foi o arquivo de nome : " blast-2.2.25-x64-linux.tar.gz "





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    • 16. Re: Instalação .Arquivo tar.gz não tem o configure, oque eu faço? [RESOLVIDO]

    Mayara Egidio
    MayaraEgidio
    (usa Outra)

    Enviado em 18/04/2016 - 14:42h

    albfneto escreveu:

    Vamos ver, me parece precompilado.
    vc expandiu o arquivo. vai na pasta onde expandiu ele, aí execulta ls -a e posta aqui.

    
cd /
    
cd ~/
    
cd pasta onde vc expandiu o arquivo
    
ls -a


    seu arquivo que baixou é tar.gz ou tar.bz2? Porque é diferente. tar.gz são fontes, mas tar.bz2 são binários.
    ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨
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    Ok. Segui oque você disse. Apareceu isso aqui:
      .    ..   bin   data   doc   VERSION





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    • 17. Re: Instalação .Arquivo tar.gz não tem o configure, oque eu faço?

    Alberto Federman Neto.
    albfneto
    (usa openSUSE)

    Enviado em 18/04/2016 - 19:43h

    vc usou ls -a como pedí? e não ls sózinho?
    não tem nada dentro das pastas:

    bin data doc VERSION

    bin, data, doc e version?

    para entrar:


    
cd bin OU
    
cd data OU
    
cd doc OU
    
cd VERSION


    o tutorial que perguntei qual estava seguindo, é o TUTORIAL DE INSTALAÇÃO do programa que quer, do BLAST.

    Não o daqui do VOL que é um tutorial de como se expande, como se descomprime.
    ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨
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    • 18. Re: Instalação .Arquivo tar.gz não tem o configure, oque eu faço? [RESOLVIDO]

    Alberto Federman Neto.
    albfneto
    (usa openSUSE)

    Enviado em 19/04/2016 - 07:20h

    Ví olink....

    Esse Blast tem cinco anos, é uma versão antiga, e me parece précompilado....

    vamos fazer o seguinte: sua distro tem gerenciador de arquivos, né? Nautilus, Dolphin...

    abre a pasta onde expandiu seu arquivo, posta uma imagem, do que tem dentro da pasta BIN num site de imagens, por exemplo este:

    http://uploaddeimagens.com.br/

    e coloca o link da imagem aqui...


    mas seu programa é executável...!é para bioinformática isso.... veja um pedaço da sua documentação:

    These databases will need to be formatted using formatdb program found
    in the standalone blast executable package. The recommended
    commandlines to use are:

    formatdb –i input_db –p F –o T for nucleotide

    formatdb –i input_db –p T –o T for protein

    For additional information on formatdb, please see the formatdb.txt
    document under /blast/documents/ directory.


    vc tem que rodar formatdb nisso, acho!

    leia o jeito de usar em:

    http://mirrors.vbi.vt.edu/mirrors/ftp.ncbi.nih.gov/blast/blastftp.txt


    Esse é o programa original e para Cientistas em Bioinformática...

    Não tem uma versão disso pronta para Debian? em formato DEB? procurou no synaptic ou na central de programas?




    ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨
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    • 19. PRECOMPILADO!

    Alberto Federman Neto.
    albfneto
    (usa openSUSE)

    Enviado em 19/04/2016 - 07:30h

    Baixei uma cópia disso, 64 Bits, só para ver o que era!
    isso é précompilado.....
    o executável Blas3d tá dentro da pasta BIN, vc não precisa compilar isso, é só executar direto.

    Outra coisa, isso, Blast,faz parte de vários pacotes prontos para Biogenômica, dá uma olhada nisso...

    https://duckduckgo.com/?q=Blast+biogenome+in+debian

    Vc não acharia isso prontinho,num pacote DEB e em versão mais nova? entrou em contato com o time que fez o pacote blast?
    Manda um email para quem fez o pacote,inventou ele. O site é:

    http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

    eu estava olhando o site, tem até interface gráfica, chama SmartBlast.





    ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨
    Albfneto,
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    Usuário Linux, Linux Counter: #479903.
    Distros Favoritas: Sabayon, Gentoo, openSUSE, Mageia e OpenMandriva.

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    • 20. Re: Instalação .Arquivo tar.gz não tem o configure, oque eu faço? [RESOLVIDO]

    Mayara Egidio
    MayaraEgidio
    (usa Outra)

    Enviado em 19/04/2016 - 15:38h

    albfneto escreveu:

    Baixei uma cópia disso, 64 Bits, só para ver o que era!
    isso é précompilado.....
    o executável Blas3d tá dentro da pasta BIN, vc não precisa compilar isso, é só executar direto.

    Outra coisa, isso, Blast,faz parte de vários pacotes prontos para Biogenômica, dá uma olhada nisso...

    https://duckduckgo.com/?q=Blast+biogenome+in+debian

    Vc não acharia isso prontinho,num pacote DEB e em versão mais nova? entrou em contato com o time que fez o pacote blast?
    Manda um email para quem fez o pacote,inventou ele. O site é:

    http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

    eu estava olhando o site, tem até interface gráfica, chama SmartBlast.





    ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨
    Albfneto,
    Ribeirão Preto, S.P., Brasil.
    Usuário Linux, Linux Counter: #479903.
    Distros Favoritas: Sabayon, Gentoo, openSUSE, Mageia e OpenMandriva.



    Muito obrigada. Vou seguir suas recomendações. Só não achei esse "Blas3d" , segui sua dica e baixei um print de minha tela, se encontra em:
    http://uploaddeimagens.com.br/imagens/screenshot_from_2016-04-19_13-49-38-png

    Nele entro em todos os diretórios.

    Vou verificar essa interface gráfica, ainda não tinha visto isso.



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    • 21. Re: Instalação .Arquivo tar.gz não tem o configure, oque eu faço? [RESOLVIDO]

    Perfil removido
    removido
    (usa Nenhuma)

    Enviado em 19/04/2016 - 18:57h

    Nos repositórios do Ubuntu 14.04 tem um pacote chamado blast2. Acho que se trata do mesmo programa discutido no tópico;

    
~ $ apt show blast2
    
Package: blast2
    
Priority: optional
    
Section: universe/science
    
Installed-Size: 1.311 kB
    
Maintainer: Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
    
Original-Maintainer: Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
    
Source: ncbi-tools6 (6.1.20120620-7)
    
Version: 1:2.2.26.20120620-7
    
Depends: libncbi6 (<< 6.1.20120620.1), libncbi6 (>= 6.1.20120620), libc6 (>= 2.14)
    
Suggests: libvibrant6b, ncbi-rrna-data, ncbi-tools-bin, ncbi-tools-x11
    
Conflicts: ncbi-blast
    
Download-Size: 640 kB
    
Homepage: http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/
    
Bugs: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+filebug
    
Origin: Ubuntu
    
APT-Sources: http://br.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty/universe amd64 Packages
    
Description: Basic Local Alignment Search Tool ("Fer. Básica de Busca de Alinhamento Local")
    
 O famoso programa de alinhamento de seqüência. Esta é a versão "oficial"
    
 NCBI, #2. O executável blastall possibilita a você entrar uma seqüência de
    
 nucleotídeos ou proteína ao programa. Ela é comparada com bancos de dados
    
 e um sumário de acertos é retornado ao usuário.
    
 .
    
 Note que bancos de dados não estão incluídos no Debian; eles precisam ser
    
 recuperados manualmente.


    Se usa Debian ou Ubuntu, tente instalar com o comando apt install blast2

    --
    LinuxCounter: #596371

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    • 22. Resolvido

    Mayara Egidio
    MayaraEgidio
    (usa Outra)

    Enviado em 26/04/2016 - 13:47h

    Agradeço a todos pelas dicas e pela ajuda.

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    • 23. Re: Instalação .Arquivo tar.gz não tem o configure, oque eu faço? [RESOLVIDO]

    Perfil removido
    removido
    (usa Nenhuma)

    Enviado em 26/04/2016 - 14:35h

    MayaraEgidio escreveu:

    Agradeço a todos pelas dicas e pela ajuda.


    Resolveu? Se sim, explique como fez, para que outros possam solucionar o problema, caso precise...

    --
    LinuxCounter: #596371

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    • 24. Re: Instalação .Arquivo tar.gz não tem o configure, oque eu faço? [RESOLVIDO]

    Alberto Federman Neto.
    albfneto
    (usa openSUSE)

    Enviado em 27/04/2016 - 14:39h

    Ué. ta diferente do meu. no meu , só tem o executável Blast3D dentro da pasta "bin".
    baixou a mesma versão que eu? qual baixou do site?
    ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨
    Albfneto,
    Ribeirão Preto, S.P., Brasil.
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