Olá! Parece que você está tendo um problema com o gerenciamento de janelas do i3wm no seu Debian. Muitos problemas de interface gráfica podem ser causados por configurações incorretas do Compositor Xorg (conhecido como "xcompmgr" ou "compton").
As sombras e os tons mais escuros são, geralmente, efeitos proporcionados por esse compositor. Talvez esteja ocorrendo alguma falha ou configuração incorreta que esteja provocando esse comportamento no seu i3wm.
# apt install compton
Depois de instalado, você pode rodar o compton através do comando:
$ compton --shadow-exclude '! focused'
Dentro do seu arquivo de configuração (o arquivo "~/.i3/config"), você pode adicionar a linha
exec --no-startup-id compton --shadow-exclude '! focused'
Isso fará com que o compton seja iniciado automaticamente quando o i3wm for iniciado, e o efeito de sombra será aplicado a todas as janelas, exceto à janela que está em foco (a que você está usando no momento).
Espero que isso resolva o seu problema. Por favor, me informe se as sombras persistirem.