Bom, estava a usar o Unity 2D e vi que tinha 16 áreas de trabalho.

Reiniciei o Unity 3D. Nas configurações do CCSM mudei para 6 áreas de trabalho. No Unity 3D mudou normalmente, mas no Unity 2D retornou à quantidade anterior ao reiniciá-lo.

Agora vem a parte mais engraçada desta história toda, que creio, seja a solução do problema para alterar de forma permanente o número de áreas de trabalho no Unity 2D, e também para todos que buscam a mesma solução.

Encerrei a sessão e iniciei o Gnome Fallback (ou Gnome Clássico), o qual tinha também 16 áreas de trabalho. Cliquei em 'Preferências' e diminui para 6 áreas de trabalho.

Reiniciei novamente a sessão com o Unity 2D, e qual foi a minha grata surpresa quando percebi que o Unity 2D estava com seis áreas de trabalho.

Portanto, a solução para o problema é bem simples:

I - Tem que ter o Gnome Fallback instalado.
II- Reinicie a sessão. Na tela de login, clique no ícone de engrenagem e mude para Gnome Clássico.
III- Clicar em 'Preferências' e aumentar/diminuir o número de áreas de trabalho, conforme queira.

Se aumentar/diminuir no Gnome Fallback as áreas de trabalho, no Unity 2D também será alterado as áreas de trabalho.

Obs.: Após alterar o número de áreas de trabalho no Gnome Fallback, se você reiniciar o Gnome-Shell, quando você retornar ao Gnome Fallback, você terá apenas uma área de trabalho. O que significa que vai ter que refazer as configurações descritas nos itens II e III, acima.

No Gnome Fallback, para ir em suas 'Preferências', tem que clicar com o mouse na barra de baixo. Naquela pequena parte que simboliza a área de trabalho, e ali clicar em 'Preferências'.

Espero ter ajudado.

Atenciosamente, Henrique1977.