Depois de muito tempo quebrando a cabeça consegui desativar o botão direito do mouse.

Execute o comando:

# xmodmap -e "pointer = 1"

Assim retornará um erro dizendo a quantidade de botões do mouse, pode ser mostrado 3, 5, 7, 9, dependendo do mouse a ser usado.

Essa é a configuração normal de um mouse de 9 botões, geralmente o mouse padrão óptico.

# xmodmap -e "pointer = 1 2 3 4 5 6 7 8 9"

Para desativar o botão direito trocaremos o 3 pelo 11, dessa maneira:

# xmodmap -e "pointer = 1 2 11 4 5 6 7 8 9"

Mudando o mouse de destro para canhoto, teremos que alterar os números 1 e 3:

# xmodmap -e "pointer = 3 2 1 4 5 6 7 8 9"

Assim por diante. Descubra cada número referente a função desejada e assim poderá configurá-lo da maneira que quiser.

Obs.: Caso seu mouse seja algum com funções especiais e tenha mais de 9 funções e já esteja usando o número 11, coloque no lugar do 11 um número maior que não esteja sendo usado.