Lembrando que o Nagios 3 foi instalado com o apt-get do Debian.

Dependendo da forma como foi instalado, os diretórios podem ser diferentes.

Editar o arquivo: /etc/nagios3/nagios.cfg

Alterar a linha:

check_external_commands=0  //desabilitado

Para:


Abra o arquivo: /etc/nagios3/cgi.cfg

Confirme se as seguintes opções existem:


Se não existirem, só adicionar.

Editar o arquivo: /etc/groups

Adicionar o www-data ao grupo nagios:


Executar o comando como root:

# chmod g+x /var/lib/nagios/rw

Ou, se for usuário normal:

sudo chmod g+x /var/lib/nagios/rw

E depois, executar os seguintes comandos:

# /etc/init.d/nagios3 stop
# dpkg-statoverride --update --add nagios www-data 2710 /var/lib/nagios3/rw
# dpkg-statoverride --update --add nagios nagios 751 /var/lib/nagios3
# /etc/init.d/nagios3 start

Fontes

• Nagios: Enable external commands « Ghacks
• Error: Could not stat command file - Debian Bug report logs

É isso aí.
Abraço.