Há um tempo (alguns anos para ser mais exato) tentei utilizar o software Shaper e percebi que ele controlava facilmente o download, mas não o upload. Depois de muito procurar cheguei a uma solução simples, que é usar uma "etiqueta" através da qual o Shaper (na verdade, o TC que é quem realmente faz o trabalho) saberá em quais pacotes atuar. Os pacotes serão marcados usando o iptables.

Exemplificando, esse é um arquivo padrão para controlar o upload no Shaper:


O que você fará é trocar os "RULES" por "MARK", conforme o próximo exemplo:


E então criar uma regra do iptables para cada IP, rede ou porta a ser controlada:


Obs.: a "marca" usada no parâmetro "MARK" do arquivo do Shaper tem que ser a mesma do "--set-mark" do iptables.

É isso e até a próxima!