Dica testada no Ubuntu Gnome 16.10.

Não sei o motivo, mas mesmo mudando nas configurações do mouse, ele não saia do "modo natural" que inverte a rolagem do scroll.

Solução: forçar a configuração.

Para isso, abra o dconf:

sudo dconf-editor

Busque por "natural-scroll", mude o valor para "false" e pronto. Abraço!