Muitas vezes nos perdemos em qual arquivo colocar esta ou aquela configuração no Debian/Linux, por exemplo, variáveis de ambiente, configurações padrões, etc.

Nesta dica vão alguns exemplos.

1)
~/.bashrc (Local) É o arquivo de configuração pessoal do usuário.
As alterações feitas aqui afetam apenas o seu usuário específico.
Pode ser usado para exportar variáveis de ambiente personalizadas, modificar o prompt (PS1) para uso individual, chamar outros arquivos, etc.

2)
/etc/bash.bashrc (Global) É o arquivo de configuração global do sistema.
As configurações definidas aqui são aplicadas a todos os usuários que utilizam o shell Bash.
Vale para todos os usuários e deve ser usado como root ou sudo.
Use o /etc/bash.bashrc apenas para comportamentos específicos do terminal Bash.

3)
~/.bash_aliases (Local) É o ideal para criar aliases.

Exemplo:

# Alias para Orca química quântica
alias orcaq="/opt/orca/orca_6_1_1/orca"

# Alias para Orca leitor de tela (sempre disponível se precisar)
alias orca="/usr/bin/orca"

4)
/etc/bash_completion Serve para habilitar o autocompletar inteligente (programmable completion) no terminal Bash.
Para ativá-lo, basta descomentar o bloco de código no arquivo /etc/bash.bashrc (ou no .bashrc do usuário).
Permite que, ao pressionar a tecla Tab, o Bash sugira comandos, opções, nomes de pacotes (como no apt) e argumentos específicos de programas.

# enable bash completion in interactive shells
#if ! shopt -oq posix; then
#  if [ -f /usr/share/bash-completion/bash_completion ]; then
#    . /usr/share/bash-completion/bash_completion
#  elif [ -f /etc/bash_completion ]; then
#    . /etc/bash_completion
#  fi
#fi

5)
/etc/environment (Global) No Debian ele vem vazio por padrão.
Ideal para variáveis globais simples (ex: PATH, JAVA_HOME).
Não use export.
Não use variáveis como $PATH ou $HOME.
Use aspas se o valor contiver espaços.
As alterações só entram em vigor após um novo login (ou reinicialização do sistema).
Funciona para qualquer shell (Bash, Zsh, Fish, Dash) e até para processos que não iniciam um shell, como serviços de sistema ou sessões de interface gráfica (GNOME, KDE).

Um exemplo comum básico para definir o editor de texto padrão, o idioma do sistema e o PATH globalmente para todos os usuários:

EDITOR="nano"
LANG="pt_BR.UTF-8"
PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/opt/meu-app/bin"

6)
/etc/profile.d/ (Global) É a forma padrão e modular do Debian para carregar configurações globais para shells de login.
Usa script shell comum. Dependendo da compatibilidade entre os terminais, aceita variadas extensões: .sh, .csh, etc.
Crie um novo arquivo terminado em .sh, por exemplo: /etc/profile.d/arquivo.sh e coloque dentro as configurações desejadas.

7)
/etc/environment.d/*.conf (Ideal para Sessões de Usuário e Systemd - Global)
Este diretório é processado pelo systemd-environment-d-generator.
Permite modularidade (um arquivo por aplicação/configuração) e suporta expansão básica de variáveis como ${VAR}. Basta criar um arquivo com a extensão .conf dentro do diretório /etc/environment.d.