Download do Banco de dados NCBI NT (DNA)

Publicado por José Cleydson Ferreira da Silva (última atualização em 19/11/2010)

[ Hits: 4.779 ]

Homepage: geminivirus.org

Download downNcbiNt




Esse script faz o download do banco de dados do NCBI (Nucleotídeo). Esse banco possui todos os dados referentes a DNA de diversas espécies que já foram decifrados e estão disponibilizados para a comunidade científica de todo o mundo.

  



Esconder código-fonte

#!/bin/sh

# Script para download do banco de dados ncbi Nt (Nucleotídio)
# 04/10/2010 - Cleysinho
# cleysinhonv@gmail.com - twitter @jcleydsonf
# Versão 0.1
# Observações:
# O processo de download das bases de dados do banco de dados pode ser demorado.


echo 'Iniciando Download 00' > status_download
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.00.tar.gz

echo 'Iniciando Download 01' >> status_download
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.01.tar.gz

echo 'Iniciando Download 02' >> status_download
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.02.tar.gz

echo 'Iniciando Download 03' >> status_download
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.03.tar.gz

echo 'Iniciando Download 04' >> status_download
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.04.tar.gz

echo 'Iniciando Download 05' >> status_download
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.05.tar.gz

echo 'Iniciando Download 06' >> status_download
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.06.tar.gz

echo 'Iniciando Download 07' >> status_download
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.07.tar.gz

echo 'Iniciando Download 08' >> status_download
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.08.tar.gz

echo 'Iniciando Download 09' >> status_download
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.09.tar.gz

echo 'Terminado Download'  >> status_download

# Fim do script

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Comentários
[1] Comentário enviado por f_Candido em 19/11/2010 - 23:06h

Show de bola...
NCBI é a fonte....

Abraços

[2] Comentário enviado por psych0 em 26/11/2010 - 13:57h

E como eu faço para ler esses arquivos?

[3] Comentário enviado por f_Candido em 26/11/2010 - 14:02h

Bom, um gedit, nano, vi e vim fazem isso tranquilo. Ou você quer saber como pode processar estes arquivos????

[4] Comentário enviado por cleysinhonv em 26/11/2010 - 18:23h

Os arquivos compactados? Ou os arquivos extraídos? Se refere-se aos extrídos, possuem formato isam e são arquivos binários.


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