Ler uma sequências fasta e separar por tamanho [Bioinformática]
Publicado por José Cleydson Ferreira da Silva (última atualização em 03/06/2017)
[ Hits: 3.412 ]
Homepage: geminivirus.org
O presente script lê um arquivo no formato fasta e separa por tamanhos < 9000; < 18000; >18000 em três arquivos diferentes.
Como utilizar?
1) Após download é preciso alterar a permissão do arquivo:
chmod +x get_by_length.pl
2) O script pode ser executado assim:
./get_by_length.pl arquivo.fasta
ou
perl get_by_length.pl arquivo.fasta
O resultado será direcionado para três arquivos diferentes:
arquivo.fasta_9000.fasta
arquivo.fasta_9000_18000.fasta
arquivo.fasta_18000_20504.fasta
#!/usr/bin/perl open in,"<$ARGV[0]"; $i=0; while($line = <in>){ chomp $line; if($line =~ m/>/){ $key = $line; }else{ $fasta{$key} .= $line; } } $i=0; while( ($key,$seq) = each %fasta){ if( $i < 9000){ open out,">>1000/$key_9000.fasta"; print out $key,"\n"; print out $seq,"\n"; close out; }elsif($i < 18000){ open out,">>1000/$key_9000_18000.fasta"; print out $key,"\n"; print out $seq,"\n"; close out; }else{ open out,">>1000/$key_18000_20504.fasta"; print out $key,"\n"; print out $seq,"\n"; close out; } } close in;
Introdução a Persistência de Estrutura de Dados em Perl
Algoritmo de Fatoração de Fermat (FFA) em Perl
Nenhum coment�rio foi encontrado.
Customizar a Instalação do Linux Debian com Preseed
Atualizando o Passado: Linux no Lenovo G460 em 2025
aaPanel - Um Painel de Hospedagem Gratuito e Poderoso
Um modo leve de ouvir/ver áudio/vídeo da internet em máquinas pererecas
Resolver algumas mensagens de erro do SSH
Instalar módulo de segurança do Banco do Brasil Warsaw do tipo .run
Instalação de Certificados .Cer no Ubuntu 24.04 (0)
O que você está ouvindo agora? [2] (193)
Procrastinação e autossabotagem são problemas muito comuns na sociedad... (8)