As opções de linha de comando substituem as descritas no arquivo de configuração. Com elas é possível modificar a forma com que o conky é executado, sem ter que alterar seu arquivo de configuração. As opções de linha de comando são:

-v | -V | --version
     Mostra a versão do conky na saída.

-q | --quiet
     Execute o Conky no modo "silencioso" (sem saída).

-D | --debug
     Aumente a saída de depuração (-DD para mais depuração), útil para encontrar erros.

-a | --alignment=ALIGNMENT
     Alinhamento de texto na tela. Pode ser: {top,bottom,middle}_{left,right,middle} ou nenhum {none}. Também é possível abreviar com primeiros caracteres da posição, ex: tr para top_right.

-b | --double-buffer
     Usar buffer duplo (evita cintilação).

-c | --config=FILE
     Arquivo de configuração à ser carregado em vez de o padrão ($HOME/.config/conky/conky.conf ou /etc/conky/conky.conf).

-C | --print-config
     Imprime a configuração padrão na saída e sai.

-d | --daemonize
     Execuatar como daemon e jogar para plano de fundo ("fork to background").

-f | --font=FONT
     Fonte usada.

-h | --help
     Imprime um conteúdo de ajuda e sai.

-o | --own-window
     Cria uma própria janela para desenhar o conky.

-s | --for-scripts TEXT
     Imprime o texto indicado na saída padrão e sai. Esta opção torna o conky útil nos scripts. O texto deve ser incluído por citações simples. Exemplo: conky -s 'Seu tempo de atividade é: $uptime'.

-S | --stdin-config
     Ler a configuração pela entrada padrão.

-t | --text=TEXT
     Texto para renderizar, lembre-se de citações simples, como -t '$uptime'.

-p | --pause=SECONDS
     Tempo dormindo antes de começar a executar o Conky.

-u | --interval=SECONDS
     Intervalo de atualização (em segundos).

-w | --window-id=WIN_ID
     ID da janela para desenhar.

-X | --display= DISPLAY
     Monitor X11 a usar.

-x X_COORDINATE
     Posição X (Horizontal).

-y Y_COORDINATE
     Posição Y (Vertical).

-i COUNT
     Número de vezes para atualizar o Conky antes de sair.