Abra o Terminal, pressionando a combinação de teclas Ctrl+Alt+t e execute os seguintes comandos [1].

Restaurar pacote de ícones:

gsettings set org.gnome.desktop.interface icon-theme ''

Restaurar tema:

gsettings set org.gnome.desktop.interface gtk-theme ''
gsettings set org.gnome.desktop.wm.preferences theme '' -> Não estava funcionando
gconftool-2 --set --type string /apps/metacity/general/theme ''

Restaurar o Launcher:

gsettings reset com.canonical.Unity.Launcher favorites

Restaurar o Painel:

gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['all']"

Você pode restaurar todas as configurações do Unity para o padrão, com o comando:

unity --reset &

Após executar todos estes comandos, realize logoff e logue novamente ao sistema.

Caso o tema padrão do GNOME não tenha voltado, provavelmente você sobrescreveu o tema padrão do GNOME em /user/share/gnome-shell/theme [2]

Você precisará executar o comando abaixo para reinstalar o tema padrão do GNOME novamente [2]:

# apt-get install --reinstall gnome-shell

Em alguns casos, ainda que você restaure o tema padrão, ele não será aplicado a borda das janelas (comum ao atualizar a distribuição da versão LTS [12.04 para 14.04 LTS, por exemplo]). Precisamos mover nosso tema incompatível com a nova versão do GNOME e criar um link simbólico do tema padrão do Ubuntu no lugar, com os comandos:

cd /usr/share/themes
# mv Win2-7 Win2-7~
# ln -s Ambiance Win2-7

Referências

[1] ASK UBUNTU. Restore default theme, 2013. (último acesso em 04 de setembro de 2016) <http://askubuntu.com/questions/218873/12-10-restore-default-theme>

[2] UBUNTU FORUMS. How to get default Gnome 3 theme back, 2011. (último acesso em 04 de setembro de 2016): <https://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1875025>