Esta dica foi aptada da página oficial do MySQL, porém tive que fazer adaptações para que ela funcionasse corretamente em uma máquina Debian.

Caso queira ver o artigo basta ir ao endereço e seguir os passos:

• MySQL :: MySQL 5.5 Reference Manual :: 2.9.2 Installing MySQL from a Standard Source Distribution

Pré-requisitos:

• cmake - o MySQL passou a usar o cmake ao invés do make. O primeiro passo é instalar o cmake.
• ncurses - no Debian o pacote se chama libncurses5-dev.

1 - Crie o grupo mysql e adicione esse usuário a este grupo:

# groupadd mysql
# useradd -r -g mysql mysql

O -g informa que o usuário será inserido no grupo informado. Se não colocar -g ele será inserido em um grupo com o mesmo nome. O -r cria uma conta de sistema e não será criado um home para ele.

2 - Compile.

Vamos partir para a compilação. Atenção: onde estiver escrito version leia-se a versão do seu MySQL:

# tar zxvf mysql-VERSION.tar.gz

Mova a pasta com os fontes para a pasta /usr/local/src:

# cd /usr/local/src/mysql-VERSION
# cmake .
# make
# make install

3 - Configurações:

# cd /usr/local/mysql
# chown -R mysql .
# chgrp -R mysql .
# scripts/mysql_install_db --user=mysql
# chown -R root .
# chown -R mysql data

4 - Opcional:

# cp support-files/my-medium.cnf /etc/my.cnf
# bin/mysqld_safe --user=mysql &

5 - Para inicializar automaticamente:

# cp support-files/mysql.server /etc/init.d/mysql.server
# update-rc.d mysql.server defaults

update-rc.d funciona no Debian. Em outras distros você tem que ver como a inicialização funciona.

6 - Para aumentar a segurança.

Crie um senha para o root com:

# ./bin/mysqladmin -u root password 'nova senha'
ou
# ./bin/mysqladmin -u root -h [nome da máquina] password 'nova senha'

Ou use a inicialização segura (ira eliminar base de testes e outras coisas mais:

# ./bin/mysql_secure_instalation