No Ubuntu 13.10 com Gnome Shell, percebi que após aplicar um tema GTK, a borda da janela não mudava. Mas, deveria!

Infelizmente, não sei a causa disso, mas após uma pesquisa no Google, encontrei uma forma de contornar o problema.

Basta executar o comando:

gsettings set org.gnome.desktop.wm.preferences theme "NomeDoTema"

Exemplo: após aplicar o tema MediterraneanWhiteNight, deve-se executar:

gsettings set org.gnome.desktop.wm.preferences theme "MediterraneanWhiteNight"
Sendo assim, a borda da janela ficará compatível com o tema GTK escolhido.


É isso!

Fonte: Problem with GTK Themes in Gnome 3.8 « Arch Linux Forums